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lunes, 12 de julio de 2010

Función en python que degenera DNA

Es una función sencilla en python, que recoge como parámetro una secuencia de nucleótidos, y devuelve un array con todas las posibles degeneraciones.

 def regenerate(oligo):  
     inp =  'ACGTRYSWKMBDVHN' # len(inp) = 15  
     deg = ['A','C','G','T','AG','CT','CG','AT','GT','AC','CGT','AGT','ACG','ACT','ACGT']   
       
     grow = ['']  
       
     for a in oligo:  
         # If that nucleotide exists  
         if inp.find(a) != -1:  
             degen = deg[inp.find(a)]  
             # Adds the new nucleotides from degen to every seq in grow  
             grow = [x+y for x in grow for y in degen]  
               
     return grow