def regenerate(oligo):
inp = 'ACGTRYSWKMBDVHN' # len(inp) = 15
deg = ['A','C','G','T','AG','CT','CG','AT','GT','AC','CGT','AGT','ACG','ACT','ACGT']
grow = ['']
for a in oligo:
# If that nucleotide exists
if inp.find(a) != -1:
degen = deg[inp.find(a)]
# Adds the new nucleotides from degen to every seq in grow
grow = [x+y for x in grow for y in degen]
return grow
¿un blog para hablar de cosas del día a día, viajes y salidas al campo, aventuras, el sol? búscatelo en otra parte!!
lunes, 12 de julio de 2010
Función en python que degenera DNA
Es una función sencilla en python, que recoge como parámetro una secuencia de nucleótidos, y devuelve un array con todas las posibles degeneraciones.
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